Компилиране, инсталиране и използване на GNU Scientific Library (GLS) под CentOS 7 и 8

УНИТе

Портал > Документация > Компилиране, инсталиране и използване на GNU Scientific Library (GLS) под CentOS 7 и 8

Компилиране, инсталиране и използване на GNU Scientific Library (GLS) под CentOS 7 и 8

Съдържание:

Предварителна информация
Изтегляне на изходния код и компилирането му с Intel Compilers и PGI Compilers
Динамично свързване на компилираната библиотека към C и C++ приложения

1. Предварителна информация

GNU Scientific Library (GLS) е библиотека за числени методи (включваща в себе си BLAS), която може да бъде вграждана или свързвана към софтуерни проекти базирани на C или C++ код. Целта на този документ е да предложи рецепта за изграждане на версия на GSL библиотеката, оптимизирана за скорост на изпълнение, чрез компилаторите от пакета Intel Compilers и/или PGI Compilers.

В случай, че желаете да използвате GLS библиотеката, която е включена в пакетните хранилища на CentOS 7 и 8 (тази библиотека е компилирана чрез GNU GCC) и не искате да я компилирате от изходен ход чрез Intel Compilers или PGI Compilers, инсталирайте я чрез пакетния мениджър

CentOS 7:
```
$ sudo yum install gsl gsl-devel
```
CentOS 8:
```
$ sudo dnf install gsl gsl-devel
```

2. Изтегляне на изходния код и компилирането му с Intel Compilers и PGI Compilers

Преди да започнете, трябва да се убедите, че имате достъп до изпълнимите файлове на компилаторите, включени в Intel Compilers и/или PGI Compilers (в зависимост от това кой пакет компилатори ще използвате). В случай на използване на Intel Compilers това е icc, а при използване на PGI Compilers това ще е pgcc. След това, посетете страницата на проекта, която дава достъп до файловото хранилище:

ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/

и изтеглете последната версия на пакета. За примерите по-долу се предполага, че наличната към момента последна версия на библиотеката е 2.6 (по-времето, по което вие изпълнявате тези инструкции, версията може да е по-висока от 2.6):

$ wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.6.tar.gz

Създайте директория, в която да извършите всички процеси по компилирането:

$ mkdir ~/build

Разпакетирайте в нея файла с архива:

$ tar xvf gsl-2.6.tar.gz -C ~/build

влезте в новосъздадената при разпакетирането директория:

$ cd ~/build/gsl-2.6

и там изпълнете операциите по компилирането и инсталирането:

ако компилирането се извършва с Intel Compilers:

$ source /opt/intel/compilers_and_libraries/linux/bin/compilervars.sh intel64
$ CC=icc CFLAGS="-xHost" ./configure --prefix=/usr/unite/gsl-2.6-icc
$ make -j6
$ make install

ако компилирането се извършва с PGI Compilers:

$ PATH=/opt/pgi/linux86-64/2019/bin:$PATH CC=pgcc CFLAGS="-fast -m64 -tp=px -Wl,-z,muldefs" ./configure --prefix=/usr/unite/gsl-2.6-pgi
$ PATH=/opt/pgi/linux86-64/2019/bin:$PATH make -j6
$ make install

След успешно извършване на инсталацията, може да изведете списък с библиотеките, към които е динамично свързана библиотеката libgsl.so. Това става по следния начин:

при използване на Intel Compilers:

$ ldd /usr/unite/gsl-2.6-icc/lib/libgsl.so

Трябва да получите изход, който е подобен на:

	linux-vdso.so.1 (0x00007ffc925ad000)
	libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007ff7e518f000)
	libimf.so => /usr/unite/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/compiler/lib/intel64_lin/libimf.so (0x00007ff7e4bef000)
	libsvml.so => /usr/unite/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/compiler/lib/intel64_lin/libsvml.so (0x00007ff7e324c000)
	libirng.so => /usr/unite/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/compiler/lib/intel64_lin/libirng.so (0x00007ff7e2eda000)
	libgcc_s.so.1 => /lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007ff7e2cc2000)
	libintlc.so.5 => /usr/unite/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/compiler/lib/intel64_lin/libintlc.so.5 (0x00007ff7e2a50000)
	libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007ff7e268c000)
	libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007ff7e2488000)
	/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007ff7e5b3b000)

при използване на PGI Compilers:

$ ldd /usr/unite/gsl-2.6-pgi/lib/libgsl.so

Трябва да получите изход, който е подобен на:

	linux-vdso.so.1 (0x00007ffdba992000)
	libm.so.6 => /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/8/../../../../lib64/libm.so.6 (0x00007fee1a420000)
	libc.so.6 => /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/8/../../../../lib64/libc.so.6 (0x00007fee1a05c000)
	libpgatm.so => /usr/unite/pgi/linux86-64-llvm/19.10/lib/libpgatm.so (0x00007fee19e53000)
	libpgkomp.so => /usr/unite/pgi/linux86-64-llvm/19.10/lib/libpgkomp.so (0x00007fee19c50000)
	libomp.so => /usr/unite/pgi/linux86-64-llvm/19.10/lib/libomp.so (0x00007fee1997f000)
	libpthread.so.0 => /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/8/../../../../lib64/libpthread.so.0 (0x00007fee1975f000)
	libpgmath.so => /usr/unite/pgi/linux86-64-llvm/19.10/lib/libpgmath.so (0x00007fee1934a000)
	libpgc.so => /usr/unite/pgi/linux86-64-llvm/19.10/lib/libpgc.so (0x00007fee18ff1000)
	libgcc_s.so.1 => /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/8/../../../../lib64/libgcc_s.so.1 (0x00007fee18dd9000)
	/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fee1af2f000)
	libdl.so.2 => /usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/8/../../../../lib64/libdl.so.2 (0x00007fee18bd5000)

Най-важното, за което трябва да проверите в този списък с библиотеки, е наличието на свързани библиотеки от колекцията на използваните Intel и/или PGI компилатори (виж редовете оцветени в светло синьо).

3. Динамично свързване на компилираната библиотека към C и C++ приложения

За да може даден код да бъде компилиран спрямо динамичната версия на GSL библиотеката (компилирана по процедурата показана по-горе) при използване на configure, следвайте схемата:

при използване на Intel Compilers:

$ CC=icc CXX=icpc ./configure ... CGLAGS="-xHost -I/usr/unite/gsl-2.6-icc/include/gsl" LFLAGS="-L/usr/unite/gsl-2.6-icc/lib -lgsl -lgslcblas"

при използване на PGI Compilers:

$ CC=pgcc CXX=pgc++ ./configure ... CGLAGS="-fast -m64 -tp=px -I/usr/unite/gsl-2.6-pgi/include/gsl" LFLAGS="-L/usr/unite/gsl-2.6-pgi/lib -lgsl -lgslcblas"

След успешна компилация спрямо динамичната версия на библиотеката, изпълнимият код трябва да може да зарежда GSL библиотеката при стартиране. За целта, в текущата сесия на bash, в която ще става стартирането, трябва да се зареди пътя до нея:

при използване на Intel Compilers:

$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/unite/gsl-2.6-icc/lib:$LD_LIBRARY_PATH

при използване на PGI Compilers:

$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/unite/gsl-2.6-pgi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Това зареждане може да бъде направено инцидентно (примера по-горе) или да стане част от постоянните настройки за bash сесията (те са обикновено във файла ~/.bashrc).

ВАЖНО! В системата, в която ще се изпълнява кода на приложението, към което е динамично свързана GSL библиотеката, трябва да са налични и съответните библиотеки от пакета на използвания компилатор (виж примера с извеждането на техния списък по-горе).

Когато се използва статичната версия на GSL библиотеката, самия файл с библиотеката се задава в списъка с бинарни обекти, на база на които компилатора създава изпълнимия код. Например:

при използване на Intel Compilers:
```
$ icc -xHost -o test test.c file1.o file2.o /usr/unite/gsl-2.6-icc/lib/libgsl.a /usr/unite/gsl-2.6-icc/lib/libgslcblas.a
```
(вместо icc може да използвате icpc, ifort, в зависимост от проекта).
при използване на PGI Compilers:
```
$ pgcc -fast -m64 -tp=px -o test test.c file1.o file2.o /usr/unite/gsl-2.6-pgi/lib/libgsl.a /usr/unite/gsl-2.6-pgi/lib/libgslcblas.a
```
(вместо pgcc може да използвате pgc++, pgfortran, в зависимост от проекта).